W związku z kończącą się rozbudowa floty Republiki Bialeńskiej oraz restrukturyzacją jednostek piechoty morskiej oraz obrony wybrzeża z dniem 9 września 2016 Marynarka Wojenna Republiki Bialeńskiej przyjmuje nowe struktury organizacyjne.
Marynarka Wojenne składa się z DOWÓDZTWA MARYNARKI WOJENNEJ, któremu podlegają:
- Dowództwo Operacji Morskich
- Dowództwa Lotnictwa Morskiego
- Dowództwo Baz Morskich
- Dowództwo Obrony Wybrzeża
- Dywizja Piechoty Morskiej.
Dowództwo Operacji MorskichDowództwu operacji morskich podlegają trzy floty oraz dwie grupy okrętów:
- 1. Flota Uderzeniowa
- 2. Flota Desantowa
- 3. Flota Obrony Wybrzeża
- Grupa Okrętów Logistycznych
- Grupa Okrętów Pomocniczych.
1. FLOTA UDERZENIOWAJest najsilniejszym zgrupowaniem okrętów bojowych Marynarki Wojennej i jest podzielona na trzy grupy bojowe:
11. Grupa Bojowa Marynarki WojennejSkłada się z lotniskowca ORB "Republika Bialeńska", dwóch atomowych okrętów podwodnych oraz 6 niszczycieli.
12. Grupa Bojowa Marynarki WojennejSkłada się z lekkiego lotniskowca ORB "Rewolucja Marcowa", jednego atomowego okrętu podwodnego, jednego niszczyciela oraz trzech fregat.
13. Grupa Bojowa Marynarki WojennejSkłada się z lekkiego lotniskowca ORB "Rzesza Bialeńska", jednego atomowego okrętu podwodnego, jednego niszczyciela oraz trzech fregat. Przy czym dwie fregaty wchodzące w skład grupy są okrętami należącymi do Królewskiej Marynarki Wojennej Hasselandu, a grupa stacjonuje w bazie morskiej na terenie KH.
2. FLOTA DESANTOWAGrupuje w swoim składzie okręty lotniczo-desantowe, desantowe oraz okręty eskortowe.

Nie ma stałego podziału na grupy bojowe, które są tworzone doraźnie w zależności od zadania - przy czym okrętom lotniczo-desantowym typu LHD mogą być przydzielane zadania jako okrętom "Sea Control Ship" i wtedy tworzą one grupy podobne składem do 12 i 13 GBMW:
- jeden okręt lotniczo-desantowy (wyposażony w takim przypadku w samoloty myśliwsko-szturmowe pionowego startu i lądowania oraz śmigłowce ZOP).
- 3-4 fregaty.
3. FLOTA OBRONY WYBRZEŻAZadaniem floty jest działanie na wodach przybrzeżnych Bialenii i Anatolii.

Flota dzieli się na 5 dywizjonów okrętów:
- 31. Dywizjon Korwet (8 korwet)
- 32. Dywizjon Okrętów Podwodnych (4 okręty podwodne - przewidziana jest rozbudowa dyonu do 8 okrętów podwodnych)
- 33. Dywizjon Przeciwminowy (12 niszczycieli min)
- 34. Dywizjon Okrętów Patrolowych (10 uniwersalnych okrętów patrolowych)
- 35. Dywizjon Okrętów Patrolowych (10 uniwersalnych okrętów patrolowych)
Okręty 34. i 35. Dywizjonu mogą pełnić rolę zarówno okrętów patrolowych, jak również po zmianie wyposażenia małych okrętów rakietowych, trałowców, lekkich stawiaczy min oraz niewielkich ścigaczy okrętów podwodnych.
GRUPA OKRĘTÓW LOGISTYCZNYCHGrupa Okrętów Logistycznych służy zabezpieczaniu działań flot operacyjnych i ma w swoim składzie:
- 4 tankowce floty
- 4 okręty zaopatrzeniowe
- 3 okręty zaopatrzeniowe floty
- okręt logistyczny (pełniący rolę okrętu-bazy dla Sił Specjalnych).

Okręty grupy są przydzielane wg potrzeb do poszczególnych flot i grup bojowych pełniąc role zaopatrzeniowe.
GRUPA OKRĘTÓW POMOCNICZYCHGrupa Okrętów Pomocniczych zabezpiecza działania Marynarki Wojennej i ma w swoim składzie:
- 4 okręty ratownicze
- okręt rozpoznania radioelektronicznego
- okręt baza prac podwodnych
- okręt hydrograficzny
- 2 okręty szkolne
- 2 holowniki oceaniczne
- 3 holowniki portowe (planowane zwiększenie do 8)
Dowództwo Lotnictwa MorskiegoDowództwu Lotnictwa Morskiego podlegają eskadry lotnictwa MW oraz bazy lotnicze MW. Obecnie zrezygnowano ze stałych grup lotniczych, co jest związane ze zwiększeniem ilości okrętów lotniczych i lotniczo-desantowych (mogących pełnić rolę SCS) i są one tworzone z poszczególnych eskadr doraźnie, w zależności od zadań. Jedyną w miarę stałą jest grupa lotnicza lotniskowca ORB "Republika Bialeńska" - ze względu na specyfikę stacjonujących na lotniskowcu samolotów.
Dowództwo Baz MorskichOdpowiada za cztery bazy morskie Marynarki Wojennej oraz pełni rolę logistyki Marynarki Wojennej zawiadując Centralną Składnicą Marynarki Wojennej oraz składnicami w bazach morskich.
Dowództwo Obrony WybrzeżaOdpowiada za lądową obronę wybrzeża i podlegają mu 4 Brygady Rakietowej Obrony Wybrzeża.
Dywizja Piechoty MorskiejJest związkiem taktycznym bezpośrednio podległym Dowództwu Marynarki Wojennej, przeznaczonym do prowadzenia działań desantowych we współpracy z 3. Flotą Desantową MW.
Obecnie trwa restrukturyzacja Lotnictwa Morskiego oraz tworzenie Dywizji Piechoty Morskiej i 4 brygad rakietowej obrony wybrzeża na bazie dotychczasowych grup lotniczych (Lotnictwo Morskie) oraz na bazie Pułku Piechoty Morskiej i dwóch dywizji obrony wybrzeża.