Ostatnio w Rotri można wyraźnie zauważyć konflikt stronnictwa rządowego (skupionego wokół Patriarchy) ze stronnictwem ludowym (skupionym wokół Kardynała du Vallona). Zarzewiem konfliktu były propozycje Patriarchy które przekształcają Rotrię w państwo świeckie. Część duchowieństwa absolutnie się na to nie zgodziła i zawiązała wokół siebie nieformalne stronnictwo które dąży do zmiany decyzji władz oraz stworzeniu nowego programu reform (nie tak radykalnych jak te które zostały przedstawione przez Piusa II). Stronnictwo ludowe przekazało władzom list otwarty w którym ostro krytykują poczynania i decyzje Prefektury Generalnej oraz Patriarchy. Konflikt zaostrzył się także po tym jak Kardynał du Vallon oskarżył Patriarchę o kapitulacje ,natomiast Pius II odpowiedział iż Kardynał jest tchórzem. Kardynał Marco de Zepp załagodził konflikt obietnicą rozmów oraz nie podjęciem decyzji bez woli większości. Jednakże walka stronnictw trwa nadal bo żadna ze stron nie chce ustąpić zbyt daleko w swoich propozycjach oraz reformach.