Dawno temu, przed wiekami, krótko po tym jak książę mazowiecki Konrad sprowadził na ziemię chełmińską Zakon NMP Domu Niemieckiego w Jerozolimie, rycerze zakonni, zwani Krzyżakami wyruszyli na ziemię Prusów, aby tam "ogniem i mieczem" wprowadzać religię chrześcijańską. Wprawieni w boju rycerze łatwo poradzili sobie ze słabszymi poganami, dotarli na tereny obecnej Litwy i tam w wyniku jednej ze zwycięskich bitew wzięli do niewoli liczną grupę litewskich dziewic. Bitwa rozegrała się rzeczywiście 7 kwietnia 1311 r. koło dzisiejszego Kętrzyna (Rastenbürg), w której zwycięstwo odnieśli Krzyżacy pod dowództwem wielkiego komtura Henryka von Plotzke, natomiast klęskę ponieśli Litwini pod dowództw księcia Witmesa.
Jednakże już wkrótce wielki mistrz krzyżacki zrozumiał, zabieranie ze sobą kobiet jest bardzo kłopotliwe. Z jednej bowiem strony należy otoczyć je odpowiednią opieką, a z drugiej ciągle czuwać, by nie stanowiły pokusy dla rycerzy zakonnych, którz wszak składali śluby czystości. Nie chciał jednak wielki mistrz zostawić dziewic "na pastwę losu" w spustoszonym walkami kraju. Przywiódł je więc ze sobą do ziemi chełmińskiej, kazał ochrzcić i w roku 1312 w Toruniu nakazał wybudować klasztor, w którym umieścił litewskie dziewice nadając zgromadzeniu regułę św. Benedykta.
Siostry benedyktynki, otoczone opieką Zakonu Krzyżackiego, prowadziły życie wygodne i beztroskie. Nie musząc się zbytnio lękać, o swój byt materialny, wolny czas wykorzystywały na przygotowywanie różnych eksperymentalnych potraw. Był bowiem zwyczaj, iż raz w miesiącu siostry zapraszały rycerzy krzyżackich na uroczystą kolację. Wówczas na stołach refektarza pojawiały się coraz to inne smakołyki, którymi benedyktynki starały się odwdzięczyć Zakonowi za otrzymywaną pomoc i opiekę.
Pewnego dnia jedna z sióstr, imieniem Katarzyna, wymyśliła ciasto piernikowe z mąki żytniej, miodu i korzeni. Z tego ciasta poczęła wypiekać pierniki, nadając im rozmaite kształty zwierząt i ludzi, m.in. wykonała też piernik w postaci 6 połączonych ze sobą medalionów. Tego wieczoru w klasztornym refektarzu było bardzo wesoło. Ciasto siostry Katarzyny bardzo smakowało gościom z konwentu toruńskiego. Rycerze, dobrze usposobieni smacznym poczęstunkiem zaczęli dla zabawy odgadywać kształty poszczególnych pierników. Żaden z rycerzy nie potrafił jednak odpowiednio określić piernika przedstawiającego owe 6 medalionów. Przywołano więc siostrę, która go wykonała. I ona jednak nie potrafiła nadać mu nazwy. Wówczas komtur krzyżacki zaproponował, żeby wobec tego nazwać piernik "Katarzynką" od imienia jego autorki. I tak ów piernik zyskał największą aprobatę, gdyż każdy chciał zjeść lub choć posmakować siostrę-Katarzynkę.
Z biegiem czasu Zakon Krzyżacki coraz bardziej zaniedbywał benedyktynki. Siostry musiały same postarać się o własne utrzymanie. Uradziły więc wspólnie, iż będą wypiekać pierniki i sprzedawać je okolicznym mieszkańcom. Tak też zrobiły. W krótkim jednak czasie sława siostrzanego wypieku stała się tak wielka, że bogaci kupcy - toruńscy zaczęli kupować je hurtowo i wywozić nie tylko do innych miast, ale i do innych krajów. I tak sława o toruńskich piernikach obiegła całą Europę.