Historia Wagarii rozpoczyna się na wyspach Uacha. Obecnie wyspy te znajdują się głęboko pod wodami ocenu. Wiele osób próbowało odnaleźć pozostałości po tej wyspie, lecz to się nigdy nikomu nie udało. Czyżby bogowie wyspy maczali w tym palce? Zacznijmy od początku.

Mieszkańcy Uacha wiedli beztroskie, zgodne z prawami natury życie. Ludność Uacha wierzyła w dwójkę potężnych Bogów władających ziemią. Byli to władcy najważniejszych żywiołów: Bóg Ognia i Ziemi (Wagar), oraz Bóg Wody i Powietrza (Ia). Uachianie byli także wyznawcami kultu magii, na ich czele stał potężny szaman. Był on pośrednikiem między ludźmi a opiekunami ziemi.

Życie na wyspie układało się wspaniale, lecz tylko do czasu. W czasie jednej z ostrzejszych zimowych pór roku, część mieszkańców wyspy zbuntowała się przeciwko wyznawcom kultu magii. Młodzi chcieli zmian. Między pokoleniem przemian, a pokoleniem konserwatystów rozpętała się bitwa o władzę na wyspie. Po stronie młodych stanęła większa część wioski, starzy natomiast prócz nielicznej swej kompanii mieli ze sobą Bogów jako sprzymierzeńców. Mimo ogromnej pomocy z zaświatów, stare pokolenie przegrało i zostało zmuszone do jak najszybszego opuszczenia wyspy.

Chwilę po tym, jak starzy mieszkańcy wioski opuścili wyspę, rozpętało się tam piekło. Wyspa drżała, z ziemi wydobywała się lawa, wokół szalały ogromne fale. W wyniku tego ogromu nieszczęść, wszelkie młode pokolenie wyspy zginęło, a wyspa znikła z powierzchni ziemi. Do tej pory nikomu nie udało się natrafić na jakikolwiek ślad (Niektórzy legendę o wyspie porównują do historii o Atlantydzie).

Wróćmy jednak do osób, które do opuszczenia wyspy zostały zmuszone. Po wielu dniach dryfowania po nieskończonym ogromie oceanu, Uachianie dopłynęli do brzegów wielkiej wyspy.

Obszar, na którym znaleźli się Uachianie znacznie przekraczał rozmiary dawnej wyspy, klimatem jednak jej nie dorównywał. Nowa kraina cała porośnięta była gęstym lasem, co uniemożliwiało budowę osady przy brzegach wielkiej wody. Jednak nie był to koniec zmartwień osadników. Las otoczony był wysokim pasmem górskim. Jednak mając za sobą kilkanaście dni morderczej żeglugi, Uachianie gotowi byli na wszystko. Chęć przetrwania była silna i najwyraźniej szczęście zaczęło sprzyjać, pokonując geśtwiny lasu, odnaleziono rzekę. Ponieważ woda jest podstawą życia mieszkańcy postanowili wybudować wioskę w okolicy strumienia. Rozpoczęli więc wędrówkę w górę rzeki. Po wielu dniach poszukiwania, wielki tród został wynagrodzony. Nowa wioska miała zostać wybudowana godzinę drogi od źródła rzeki, na płaskowyrzu wśród szczytów gór co pozwalało na odizolowanie się od świata zewnętrznego.

By udobruchać Bogów ziemi, Uachianie postanowili nazwać wioskę ich imieniem. Wioska przyjęła nazwę Wagar-Ia (Z upływem czasu ludzie przestali używać myślnika oddzielającego poszczególnych Bogów, teraz miasto znane jest pod nazwą Wagaria). Początkowo wioska była niewielka i prymitywna. Lecz szybko rozpoczęto budowę wielkiego muru. Mur budowany był wzdłóż krańców płaskowyrzu co w połączeniu z otoczką górską stanowiło barykadę nie do przebicia. Mur budowany był przez setki lat. Wioska kwitła coraz szybciej, w końcu zaczęło brakować miejsca. Wagarianie opuścili więc enklawę i rozpoczęli poszerzanie wioski budując domy poza pasmami górskimi.

Obecnie Wagaria kwitnie, a mieszkańcy podzieleni są na dwie grupy. Pierwsza grupa posiadająca władzę to Kapłani mieszkający wewnątrz wielkiego muru. Druga grupa pracująca na utrzymanie wioski to Chłopi mieszkający w pobliżu zakonu. Wprawdzie można też odnaleźć kilku Samurajów, lecz oni korzystają jedynie z gościnności Wagarian. Miastem Samurajów wciąż pozostaje Armeria.